Na Base Aérea N.º 6 executam-se fundamentalmente missões de Transporte Aéreo, nomeadamente no apoio às Forças Nacionais Destacadas nos vários Teatros de Operações internacionais, Reconhecimento Aéreo, Vigilância Marítima, Busca e Salvamento e Evacuação Sanitárias para apoio das populações no Continente e Regiões Autónomas.

Para cumprir estas missões estão localizadas na BA6, a Esquadra 401 “Cientistas”, equipada com aeronave C-212 “Aviocar”, a Esquadra 501 “Bisontes”, equipada com a aeronave C-130 “Hercules”, a Esquadra 502 “Elefantes” equipada com a aeronave C-295, Esquadra 504 “Linces”, equipada com aeronaves Falcon 20 e Falcon 50 e Esquadra 751 “Pumas”, equipada com helicópteros EH-101 “Merlin”. A Esquadrilha de Helicópteros da Marinha está sediada na BA6 recebendo apoia logístico desta Base. Também está implementado na BA6 o Centro de Treino de Sobrevivência da Força Aérea, responsável pela preparação de militares e civis nacionais e estrangeiros nas áreas de sobrevivência em terra e na água, fuga e evasão, defesa Nuclear, Biológica e Química e reconhecimento na desactivação de engenhos explosivos.

A missão que regressou do Afeganistão teve como objectivo integrar a Força Internacional de Apoio à Segurança no Afeganistão (ISAF), por um período de 3 meses, no quadro dos compromissos internacionais assumidos por Portugal para o apoio ao processo eleitoral naquele país. Para este efeito foram destacados 82 militares e uma aeronave C130 Hércules, que operaram a partir do Aeroporto Internacional de Cabul.